通州区南山湖周边水系由南山湖、一号横河、二号横河、中心横河、双霞竖河、霞中竖河、九总河、进西竖河、南郊河及其连接沟组成，水域面积约59.34万平方米，其中南山湖水域面积25.68万平方米。本工程设计采用生物-生态法净化为主的处理工艺，通过设置必要的工程措施和生物措施，使湖泊水体经工程净化后实现改善水质、抑制藻类爆发的目的。